九州地區自8月9日左右開始受到集中豪雨襲擊，各地接連發生災害。鐵路也受到重大影響，日豐本線的西都城至鹿兒島間、肥薩線的吉松至隼人因路基流失等損害，暫時停止運行。此外，其他各路線也相繼出現列車運行暫停的情況。
在九州新幹線方面，11日從始發到下午全線停運。面對這種情況，九州新幹線的車輛因無法運行的列車而在車站或車輛基地待命……以為如此，然而在熊本市內，卻目擊到多組新幹線車輛停放在高架橋上。
在降雨中，為什麼九州新幹線的車輛會集中在高架橋上呢？原因是為了避免車輛基地在雨水影響下造成重大損害，也就是避免淹水災害。
2019年襲擊日本的19號颱風（令和元年東日本台風）中，北陸新幹線的車輛基地，即JR東日本的長野新幹線車輛中心，因千曲川決堤而遭到洪水侵襲。這使得基地內的設施以及停放的10輛E7系和W7系全部浸水，導致全編成報廢。結果，北陸新幹線在恢復運行後，暫時采用減少班次的運行計劃，而且為了彌補北陸新幹線的車輛不足，轉用原本部署於上越新幹線的E7系，原定更換的E4系「MAX」則延長使用近半年，這一事件後續影響深遠。
因此，在2019年，國土交通省指示運行新幹線的JR各公司，制定對車輛基地淹水的防範措施。各公司在預測到會發生淹水災害的情況下，制定了將停放車輛從車輛基地避難到高架線等於是避難計劃。
在可能發生最大規模降雨的情況下，會遇到淹水災害的車輛基地包括此次實際避難情況的九州新幹線熊本綜合車輛所，還有JR東日本的長野新幹線車輛中心以及新庄運轉區（當時）、JR東海的浜松工廠及鳥飼車輛基地，以及JR西日本的博多綜合車輛所岡山支所及同廣島支所的共7個地點。在這7個地點中，除了不具備停放功能的浜松工廠外，其他6個地點都制定了車輛避難計劃。
此外，長野新幹線車輛中心作為制定豪雨時車輛避難計劃的起因，對淹水並非全無對策。近年建造的新幹線車輛基地中，大多數是採用填土結構以兼顧軟弱地基的對策。長野新幹線車輛中心進行了不到1米的抬高，而最近的新車輛基地，例如西九州新幹線的熊本綜合車輛所大村車輛管理室，則抬高了約10米，已採取十分嚴密的淹水對策。
