JR東海運營的在來線有12條路線。在這其中，有7條已電氣化的路線全部使用的是1999年首度登場的313系。
313系是JR東海的普通車輛，作為311系的第二代車輛而開發。311系僅在名古屋地區製造了4輛編隊的15列快速列車，而313系則計畫大量增備以取代國鐵型車輛，因此其具備了通用的特性。
313系的車體是不銹鋼製。前面是白色的，車體四周環繞著橙色條紋，這與311系相似，採用簡單的設計（8000番台除外）。另外，側面的窗戶分為5個部分（同樣是8000番台除外），當時行業報紙上JR東海的相關負責人表示：「我們能夠實現與我們的特急車輛相同的“寬視角”化設計。」
編隊分為2、3、4、6輛，搭載馬達車（搭載軸）和非搭載車（非搭載軸）的比例都是1對1。無論編隊為何，性能都不會改變。發電煞車、除霜用的天窗、半自動門按鈕等設備，根據不同的組別會有所不同，但在基本的行駛性能方面，從名古屋區的快速列車到飯田線和身延線等地方線，都能在JR東海的在來線全線運行。
車內根據線區有所變化，在最初導入的組別中，有可轉換的交叉座椅（0番台等）、交叉座椅與車端部長座椅（1000番台等）、固定半交叉座椅（3000番台）和“中央直達車”用的可轉換交叉座椅（8000番台）共四種。此外，在2006年重新開始增備時，也出現了長座椅（2000番台等）和全座椅均可轉換的交叉座椅（5000番台等）。此型共有六種座椅模式。
早期群組中具有特點的是8000番台。這是為運行在中央線名古屋至中津川之間的座位定員制列車“中央直達車”而製造的組別，儘管座椅本身是可轉換交叉座椅，但卻設有隔板的走廊和座椅面料的顏色等，使內部頗有特急型電車373系的氛圍。此外，313系中唯一在時速130公里下進行營業運行的也是其特點。
在2013年“中央直達車”停止運行後的8000番台，曾用於中央線的通勤列車及“家庭直達車”，不過在2022年轉調至靜岡地區，並在該區域的普通列車中運行。
後期群組中的特點番台則是5000番台和5300番台。前者是6輛編隊，後者是2輛編隊，都是為名古屋地區的快速列車製造的組別。與同樣配有可轉換交叉座椅的0・300番台不同，5000・5300番台的所有座椅均可轉換是其特徵。傳統車輛的設計會必然產生面對面的座椅，但這組別則不再有這樣的座椅配置。此外，雖然該車輛是無需額外收費的列車，但卻裝有由新幹線和特急車輛所採用的“車體間減震器”，以改善高速行駛時的舒適性。
313系的製造數量為539輛（另有2輛由於平交道事故的同號代替新造車輛）。作為JR東海在來線車輛中數量最多的型號，它是名實俱佳的JR東海在來線普通列車的主力型號。除了JR東海的7條電氣化路線外，還進入了JR東日本的中央本線和篠ノ井線，從東面的御殿場線的國府津站，到北面的篠ノ井線的松本站，再到西面的東海道本線的米原站，展現了其不僅活躍於東海地區的廣泛範圍。值得一提的是，過去的313系在7條電氣化路線的所有區間內運行，但由於中央本線名古屋至中津川之間的普通列車統一了為315系，2023年開始在該區間的營業運行結束（目前僅剩回送列車）。
其他JR的情況下，JR東日本在首都圈主要路線中使用E235系和E233系，在仙台地區使用E721系，在新潟地區使用E129系，JR西日本則在關西圈主要路線使用225系和223系，在岡山・廣島地區使用227系，各地區投入了不同的型號。當然，其他公司在電氣化方式、需求及擁有車輛數量等方面有各自的情況，無法一概而論。然而，313系在廣泛范圍內，從大都市圈名古屋到地方線都發揮著作用，應該可以稱之為JR一般電車中的“最強通用車輛”。