新幹線與特急列車的普通車有兩種類型的座位，分別是指定座位和自由座位，其中指定座位是需預約的，而自由座位則不需指定列車和座位。
自由座位的優點是無需指定列車和座位，因此在乘坐列車時不受時間的限制。此外，相較於指定座位，自由座位的特急票稍微便宜一些。不過，由於無法確保座位，在繁忙期間有可能需要站票。
同一列車中的自由座位與普通車指定座位的票價差異基本上是530日元。這個差異在任何距離的乘車中都不會改變（除非有後續提及的例外）。以山陽新幹線的「櫻花」為例，從新大阪到姬路之間（指定座位（通常期，沒有特別說明的情況）2290日元，自由座位1760日元），無論是從新大阪到博多（指定座位5490日元，自由座位4960日元），價格差異始終是530日元。
不過，在某些列車或區間及乘車日期中，指定座位與自由座位的票價差異可能會進一步擴大。
東海道・山陽新幹線的「希望」與「瑞穗」的指定座位票價高於「光」與「小花」的設定。此差價會根據距離而變動，例如東京至名古屋的指定座位票價中，「希望」為4920日元，「光」為4710日元，相差210日元。而東京到新大阪的情況，「希望」為5810日元，「光」為5490日元，相差320日元。值得注意的是，自由座位的票價在所有列車中是一樣的。也就是說，「希望」指定座位與自由座位的差額，在東京至名古屋為740日元，但在東京至新大阪則為850日元，隨著乘坐距離的增加，票價差也會擴大。
此外，在新幹線中，主要在相鄰車站之間，會設置相對較便宜的特定特急票價。例如，東海道新幹線的新橫濱至小田原之間的指定座位票價為2290日元。若自由座位票價應為530日元的折扣，即1760日元，但實際上為990日元。這樣的情況下，指定座位與自由座位的價差為1300日元。
在一般列車中，JR東海、JR西日本、JR四國在某些區間內提供較為優惠的自由座位票價，稱為「特定特急票價」。例如JR東海的「志那野」，在50公里內的指定座位票價為1190日元，但在多治見至鹽尻之間，30公里內的自由座位票價為330日元、超過30公里至50公里內為660日元。此外，JR九州在某些區間中也有設定特定特急票價，但在此情況下，指定座位與自由座位的差額均為530日元（除自由座位車內售票價外）。
此外，指定座位票價會根據「繁忙期」「清閒期」等季節進行調整，這可能導致價格差異擴大。指定座位票價和自由座位票價的差異在正常期為530日元，而在繁忙期，差額將增加到730日元。更甚者，在暑假及年末年始的「最旺季」，差額更是增加到930日元。而在利用較少的清閒期，價差則縮小至330日元，減少200日元。值得一提的是，如JR北海道及JR東日本的一些一般列車特急，則不屬於季節票價的調整範圍。
