從12月31日到1月1日，部分事業者將實施「通宵運行」。
在除夕到元旦之間，有些事業者將實施「通宵運行」。這可以用於跨年活動後的交通，或者初詣和欣賞初日出。在2026年的深夜，除了首都圈，還預計在關西圈、中京圈、中國地區以及九州地區的多條路線上運行臨時列車。
首都圈的實施路線是什麼？
在首都圈實施通宵運行的有JR東日本、京成電鐵、京王電鐵、多摩都市單軌，以及伊豆箱根鐵道等5家公司。
JR東日本的通宵運行包括山手線、京浜東北·根岸線（桜木町～大宮間）、中央·總武線各站停車、中央線快速電車（三鷹～高尾間）、橫須賀線（橫濱～逗子間）和總武本線·成田線（千葉～成田間）共6條路線。總武本線·成田線將運行上下各2班其餘路線的運行間隔，山手線約10～25分鐘，京浜東北·根岸線約15～70分鐘，中央·總武線各站停車約15～120分鐘等。
需要注意的是，2024年度的通宵運行中原本計劃包含青梅線，但這次未被納入。不過，該線將運行快速「武藏御嶽神社初日出號」，立川～御嶽間上下各2班。「武藏御嶽神社初日出號」在2024年度也將運行上下各2班，所以今年的列車名雖然變了，但實質上和去年相差不大。
京成電鐵在京成上野～京成成田間、押上～京成金町間運行普通列車各9往復（本線約20～50分鐘間隔，金町線約20～40分鐘間隔）。此外，還將在京成上野～京成成田間運行1班有料特急列車「成田山開運號」。
京王電鐵在新宿～高尾山口間，每約60分鐘運行一班各站停車。此外，還將在新宿～高尾山口間運行4班座位定員制列車「京王萊納」。需要注意的是，這些臨時列車與定期的「京王萊納」相同，在府中站以西可以不購買座位指定券搭乘。
多摩都市單軌從0時至5時左右，每約45分鐘運行一班通宵列車。伊豆箱根鐵道則在大雄山線運行上下各10班。
此外，雖然不是持續運行的通宵運行，但為初日出觀賞者等設置的臨時列車，由小田急運行臨時浪漫車「新年特快」，京急運行「初日號」。東京單軌則會為「初日の出フライト」的乘客運行臨時列車。東急也計劃在深夜1時25分自渋谷站出發運行臨時各站停車，路線為東橫線與田園都市線。
其他東武、西武、相鐵、東京地鐵、都營地下鐵、橫濱市營地下鐵及其餘各私鐵將不實施通宵運行，也不計畫運行深夜臨時列車。
關西圈・中京圈的實施路線是什麼？
在關西圈和中京圈，京阪電氣鐵道、近畿日本鐵道和名古屋市營地下鐵是通宵運行的對象。
京阪除了大津線外，各線都將有通宵運行。京阪本線·鴨東線主要運行普通列車和準急列車，運行間隔約15～30分鐘，但淀屋橋站25時台出發、出町柳站26時台出發的急行也會運行約20～30分鐘的間隔。
近鐵的終夜運行路線包括大阪線（包含難波線）、奈良線（同樣）、京都線、橿原線、天理線、けいはんな線、生駒線、信貴線、南大阪線、御所線、長野線、名古屋線、山田線、鳥羽線（宇治山田～五十鈴川間）、鈴鹿線、生駒纜車、西信貴纜車、葛城山纜索道。主要是普通列車，但奈良線和南大阪線也會有準急，京都線系統則會安排急行。此外，還計劃運行42班的深夜臨時特急列車（運行區間延長列車也包括在內），如大阪·名古屋～伊勢方面的「火之鳥」。
名古屋市營地下鐵將在上飯田線以外的各線上，實施直到首班列車的通宵運行，運行間隔約30分鐘。
此外，JR西日本計劃在大阪環狀線、JR夢咲線和萬葉まほろば線運行深夜臨時列車。雖然這不算是真正的通宵運行，但每條線路的運行時間都會延長到3時左右，非常接近。因此，2024年度JR京都·神戶線、大和路線等也在範圍內，但今年已經剔除。
另外，水間鐵道也計劃運行至2時左右的臨時列車。
其他地區的實施路線是什麼？
在中國地區，吉備線岡山～備中高松·總社間將運行深夜的臨時列車上下各4班。山陽本線在廣島～大野浦·岩國間，亦將運行上下各4班的深夜臨時列車。
在九州地區，三家事業局將實施深夜的臨時運行。西日本鐵道計劃在天神大牟田線和太宰府線進行通宵運行。運行班次包括2班急行和42班普通列車，西鐵福岡（天神）～太宰府約30分鐘一班，西鐵久留米·西鐵柳川·大牟田～太宰府約60～110分鐘一班。
福岡市營地下鐵則在所有的地下鐵線路上運行「跨年臨時列車」。在0時至2時間，空港線·箱崎線運行20班，七隈線運行10班。
此外，為了配合北九州地區及「哈烏斯登堡」的跨年活動，鹿兒島本線、大村線等地也將設置深夜臨時列車。