JR東日本的車輛型式名稱中，不僅包含如「103系」和「251系」等自國鐵時代就使用的數字，還有含有「E」或「HB」等英文字母的型式名稱。
目前許多型式中都附加的「E」代表JR東日本所屬。是從東日本＝East的首字母取來的，在通勤路線上自1993年首次亮相的「超級小町」用E351系開始使用，而在新幹線上自1994年首次亮相的E1系「Max」也同樣採用。
然而，即使是JR東日本所屬的車輛，對於E351系之前的車輛並不會追溯加上這個標記，例如不會稱209系為E209系。此外，JR東日本與JR西日本共同開發的車輛中，JR西日本的部分為W7系（JR東日本版為E7系），基於JR東日本的E5系所開發的JR北海道新幹線車輛則為H5系，因此其他公司車輛也可能會按照JR東日本的規定來命名。
此外，JR東日本的型式名稱中還可能包含「HB」和「GV」等英文字母。這是表示用于非電氣化路線的車輛，代表其以除柴油引擎之外的其他動力行駛，已取代國鐵時代使用的「キハ」。
「HB」是指混合動力系統（Hybrid）。混合式柴油車系統使用柴油發電和行駛用電池供應的電力共同驅動車輛。JR東日本自2010年首次亮相的HB-E300系起開始使用「HB」標記，目前還有HB-E210系和HB-E220系出現。
值得一提的是，JR東日本首個採用混合動力的營業車輛是2007年首次亮相的キハE200型。自HB-E300系以後開始用「HB」等取代「キハ」，因此キハE200型在該公司的混合車中是個例外的型式名稱。
「GV」是指電動式柴油車。以柴油發電的電力行駛的電動式柴油車中，該公司在新潟和秋田地區投入了GV-E400系和事業用車的GV-E197系兩種型式。此外，JR北海道也引進了以GV-E400系為基礎的車輛，但其型式名稱為H100型，並未沿用JR東日本的名稱規則。
「EV」是指蓄電池式電車的標記。這種電車通過在電氣化區間或部分非電氣化車站的充電設備對電池充電，來獲取行駛所需的能量。在JR東日本，目前運行的有EV-E301系（烏山線用）和EV-E801系（男鹿線用）兩種型式。
「FV」是指氫燃料電池混合車的標記。這種車輛是將混合式柴油車的柴油引擎替換為氫燃料電池的系統結構，其排放物僅為水，是一種環保的交通工具。但截至2025年，目前僅存在一種FV-E991系「HYBARI」，且該車輛仍屬於試驗車輛，因此尚未投入營運。HYBARI的試驗系統預計將在2030年代實用化。
